2대 싯켄 호조 요시토키가 개 신장을 모시는 오쿠라 약사당을 창건한 것이 가쿠온지의 시초이다. 후에 9대 싯켄 호조 사다토키가 재건했다.
호조 쓰네토키가 창립, 정토종 3조 넨나 료추 대사가 개산하였다. 절 앞 해변에는 일본 최초의 축항 유적인 와카에노시마가 있다.
와카에노시마는 사가미 만 동부에 위치한 인공 섬이다. 호조 야스토키가 싯켄을 맡고 있던 1232년(조에이 원년)에 축조되었다.
호조 시게토키가 창립, 닌쇼 스님이 개산하였다. 서민 구제를 목표로 한센병 환자를 구제하는 시설인 비전원 등이 설치되었다.
